El Hospital de Ventanilla inicia sus actividades en 1964 como un centro de salud del MINSA, en un local de calle 12 de la Urbanización Ciudad Satélite de Ventanilla. En ese entonces, los usuarios eran atendidos por un médico, un odontólogo y un auxiliar de enfermería.
Posteriormente, El Fondo Nacional y Bienestar Social, inició la construcción de un nuevo local en la actual ubicación del Hospital de Ventanilla, en la cuadra 3 s/n de la Av. Pedro Beltrán, al costado de la Comisaria de Ventanilla, el mismo que fue inaugurado el 8 de febrero de 1967 por el entonces Presidente Constitucional de la República; Fernando Belaunde Terry.
Al poco tiempo se iniciaría la atención médica de 24 horas, la misma que generó el servicio de hospitalización, partos eutócicos y atención inmediata al recién nacido.Posteriormente, a partir de 1993 comienza la atención del centro quirúrgico, a través del programa Cirugía de Día o Cirugía Simplificada.
Para 1999, el Centro de Salud Ventanilla ya formaba parte de las redes de salud y era el nuevo Centro Base de la V Red a nivel Callao. Más tarde, en diciembre del 2005 se inicia la construcción del actual Hospital de Ventanilla, culminándose la obra en enero del 2007 e inaugurándose y dando inicio a sus labores el 1 de mayo del mismo año.
El 18 de diciembre del 2012, el Gobierno Regional del Callao, aprobaría la creación de la Unidad Ejecutora Hospital de Ventanilla, para su funcionamiento
como tal a partir de enero del 2013, siendo el Dr. David Pablo González Sáenz, su primer Director, y estando en la actualidad bajo la dirección del Dr. Hamilton Alejandro García Díaz.